Il rifugio è dedicato alla Regina Margherita, all’epoca sovrana d’Italia. Il 14 luglio 1889 l’Assemblea dei delegati del Cai approvava il progetto di costruire una capanna oltre 4500 metri per “consentire ad alpinisti e scienziati maggior agio ai loro intenti in un ricovero elevatissimo. Nel 1890 fu scelto il luogo: la punta Gnifetti e fu dato inizio ai lavori. La capanna, predisposta a valle, fu trasportata dapprima con i muli e poi a spalla, con un enorme lavoro a catena e montata sulla vetta. Il rifugio fu inaugurato il 4 settembre 1893. Qualche giorno prima il 18 e 19 agosto vi aveva pernottato la Regina cui il rifugio era dedicato. Nel 1899 fu aggiunta la torretta destinata ad osservatorio meteorologico. In quegli anni Angelo Mosso aveva qui svolto importanti studi di ricerca. Nel 1903 a Londra il Consiglio Internazionale delle Accademie riconosceva la capanna Margherita istituzione di “utilità scientifica e meritevole di appoggio”. Nel 1976 il vecchio rifugio mostrava i segni del logoramento. Nel 1977 la Sezione di Varallo, su incarico della Sede Centrale, diede inizio ai lavori per la nuova capanna che fu inaugurata il 30 agosto 1980. La capanna, oltre a svolgere funzione di rifugio, è ancora oggi osservatorio meteorologico della Regione Piemonte e laboratorio scientifico convenzionato con l’Università di Torino. Nello scorso 2002 la Capanna Regina Margherita ha ottenuto la Certificazione UNI EN ISO 14001 finali che comprovano il suo minimo impatto sull'ambiente circostante.